飛騨市文化交流センターは、平成18年6月開館より飛騨市直営で運営管理を行ってきましたが、平成19年4月1日より指定管理者制度により、民間事業者に管理運営を委託します。この指定管理者に指定されたのは飛騨市民により平成18年4月に設立された「特定非営利活動法人ひだ文化村」です。